Вчені розшифрували геном оливкового дерева

Дослідники з Центру геномної регуляції (CRG), Real Jardín Botánico (CSIC-RJB) і Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) розшифрували геном оливкового дерева за допомогою 1,300-річного зразка, що належить іспанцям. Сорт Фарга як еталон.

За останні 10 років генетичний код ряду видів рослин був зібраний, анотований і оприлюднений. Тепер оливкове дерево можна додати до цього списку секвенованих геномів рослин. Трирічний дослідницький проект фінансувався іспанським банком Banco Santander і опублікований 27 червня 2016 року в GigaScience, журналі з відкритими даними.

Дослідницький проект координував Пабло Варгас, дослідник з CSIC Real Jardín Botánico, який пояснив процес у випуску новин:

"Існує три етапи секвенування геному: по-перше, виділити всі гени, які ми опублікували два роки тому. По-друге, зібрати геном, який полягає в упорядкуванні цих генів один за одним, як зв’язування вільних фраз у книзі. Нарешті, визначте всі гени або зв’язуєте книгу. Останні два етапи – це те, що ми зробили і зараз представляємо».

Під час процесу ідентифікації генів оливкового дерева дослідники виявили, що воно має понад 56,000 - генів, набагато більше, ніж інші види рослин, і вдвічі більше, ніж у людському геномі.

Дослідники також виявили, що, використовуючи 1,300-річний зразок оливкового дерева, це був перший раз, коли такий старий ​"індивідуальний» секвенував свій геном. ​"До цього часу всі особини, які прослідковувалися, від плодової мушки (Drosophila melanogaster) до першої проаналізованої людини, жили певний час, залежно від обмеженої тривалості їхнього життя. Це перший випадок, коли ДНК людини віком понад 1,000 років і яка, ймовірно, проживе ще 1,300 років, була секвенована», – показали дослідники Пабло Варгас і Тоні Габальдон (CRG).

Розуміння генетичного коду оливкового дерева допоможе вченим зрозуміти низку факторів, пов’язаних з деревом, включаючи його довголіття, його пристосованість до посушливих умов, а також відмінності між сортами, розмірами та смаком оливок. Зрештою, це також сприятиме проведенню нових досліджень у галузі генетичного вдосконалення виробництва оливок та оливкової олії, а також способів захисту оливкового дерева від бактерій та інфекцій.

Щоб сприяти подальшим дослідженням, повне секвенування геному оливкового дерева було опубліковано у відкритому доступі на GigaScience. База даних GigaDB.

• GigaScience


• База даних Giga